Büyük Selçuklu ordusunun 1071 Malazgirt sava??n? kazanmas? üzerine Sultan Alparslan’?n mahiyetinde bulunan üst düzey komutanlar, Anadolu içlerine do?ru ak?nlara ba?lam??t?r. Bu ak?nlar sonucunda Anadolu’daki Bizans egemenli?i sona ermi? ve kazan?lan topraklarda, fetihleri yapan komutanlar Selçuklu Devleti'nin izniyle içi?lerinde ba??ms?z beylikler kurmu?lard?r.
Bu süreçte Amasya ve civar? Dani?mend Ahmet Gazi taraf?ndan fethedilerek bölgede Türk egemenli?i dönemi ba?lam??t?r.Bu dönemde Anadolu’ya gelmi? olan Haçl? Ordusu'na kar?? Selçuklu Sultan? K?l?ç Arslan ile Dani?mend Ahmet Gazi komutas?ndaki birliklerin Amasya-Merzifon aras?nda 5 a?ustos 1101 günü yapm?? oldu?u sava? sonucunda Haçl? Ordusu bozguna u?rat?lm??t?r.
Dani?mendliler'in yakla??k yüzy?l süren egemenlik dönemi Selçuklu Sultan? II. K?l?ç Arslan’?n 1175 y?l?nda Amasya’y? ele geçirmesiyle sona ermi?tir. Böylelikle Amasya ?ehri ve civar? Selçuklu egemenli?i alt?na girmi?tir.
II. K?l?ç Arslan uzun süren saltanat? s?ras?nda Selçuklu Devleti'ni on bir o?lu aras?nda payla?t?rm?? (1185/1186) ve bu payla??m s?ras?nda Amasya Nizameddin Argun?ah’?n hissesine dü?mü?tür. Nizameddin Argun?ah’?n karde?i II. Rükneddin Süleyman?ah’?n (1196-1204) Selçuklu saltanat?n? ele geçirmesi üzerine bir çok yöre gibi Amasya’da bu sultana ba?l? bir il haline gelmi?tir.
Anadolu Selçuklu Hükümdar? Alaeddin Keykubad, Mo?ollar?n bir tehdit unsuru haline gelmesi üzerine olas? bir Mo?ol sald?r?s?na kar??l?k kom?usu Harezm beylerinin deneyimlerinden yararlanmak amac?yla baz? illeri onlara t?mar (dirlik) olarak vermi?tir. Amasya bu dönemde timar olarak Bereket Han’a verilmi?tir (1231).
Sultan Alaaddin Keykubad (1220-1237) sonras?nda ülkenin iyi yönetilememesi Selçuklu Devletinde baz? toplumsal olaylar?n meydana gelmesine neden olmu?tur. 637H./1239M. tarihinde meydana gelen ve merkezi Amasya olan Babaîler Ba?kald?r?s? bu dönemde görülen önemli toplumsal hareketlerin ba??nda gelmektedir.
Baba ?lyas Horasanî önderli?inde ba?layan bu ba?kald?r?da, Baba ?shak Kefersudî hareketin pratik sürecini Kefersud köyünden ba?latm?? ve bu ba?kald?r? süresince ya?anan geli?melerde Amasya önemli bir tarihi mekan olarak olaylara tan?kl?k etmi?tir.
Ba?kald?r?n?n büyüyerek yay?lmas? sonucu, Sultan II. G?yaseddin Keyhüsrev (1237-1246) ihtiyaten Kubadabad Kalesi'ne çekilir ve bu s?rada Amasya Suba??l???na atanan Hac? Arma?an?ah hareketin bast?r?lmas? için görevlendirilir.
Sonuçta kanl? bir ?ekilde bast?r?lan Babaîler Ba?kald?r?s?n?n önderi Baba ?lyas, Hac? Arma?an?ah taraf?ndan tekkesinde ele geçirilerek Amasya Kalesi burçlar?na ast?r?l?r.
Selçuklu Devleti’nin 1243 Köseda? Sava??'nda Mo?ollara yenilmesinden sonra Anadolu’nun neredeyse her yan? ya?malanmaya ba?lanm?? ve Selçuklu Devleti yar?m yüzy?l? geçkin bir süre Mo?ollar taraf?ndan ya?malanm?? ve bundan Amasya’da etkilenmi?tir.
Anadolu’yu i?gal etmi? olan Mo?ollar daha çok Amasya’n?n da içinde bulundu?u Orta Anadolu Bölgesi'ne yerle?mi?lerdir. Bu yerle?enlere genellikle Tatar ad? verilmektedir. Bu dönemde Amasya’ya yerle?enler ise daha çok sol kol oymaklar? olarak da bilinen Ca’un?ar oymaklar?d?r.
?lhanl? hükümdar? Ebu Said Bahad?r Han’?n 1335 y?l?nda ölümü sonras?nda, ?lhanl?lar'?n Anadolu genel valisi bulunan Sultan Alaeddin Eratna ba??ms?zl???n? ilan ederek Eratnal?lar Devleti'ni kurmu? ve Amasya 1341 tarihinde Eratnal?lar'?n egemenli?i alt?na girmi?tir.
Amasya ayn? y?l merkezi Niksar olan Taceddino?ullar? Beyli?i taraf?ndan i?gal edilmi?, bir süre bu i?gale ses ç?karmayan sultan Eratna, M?s?r Memlûklu Sultan? Melik Nâs?r’?n himaye ve deste?ini sa?lad?ktan sonra i?galciler üzerine emirlerinden Tüli Bey’i göndermi? ve bunun üzerine Tüli Bey Amasyal?lar?n da yard?m?yla Amasya ve çevresini Taceddin Do?an?ah’?n elinden alarak bu i?gale son vermi?tir.
Bu dönemde; Zeyneddin Tüli Bey Amasya Emirli?i yapm??, onun ölümünden sonra ise 1347 y?l?nda Hac? Kutlu?ah Amasya Emirli?i görevine getirilmi?tir. Sonras?nda ise Hac? Kutlu?ah’?n büyük o?lu ?ahabeddin Ahmet ?ah 1352 ortalar?nda Amasya Emiri olmu?, 1356 y?l?nda ise, Emir Kebir ?ücaaddin Süleyman Bey Amasya Emirli?i'ni zorla ele geçirmi?, ondan da tekrar ?ahabeddin Ahmet ?ah 1358 tarihinde Amasya Emirli?i'ni geri alm??t?r.
1359 y?l?nda Amasya Emirli?i görevine Hac? Kutlu?ah’?n di?er o?lu Hac? ?adgeldi Pa?a getirilmi? ve 1361 y?l?nda ise, eski Amasya Emiri ?ücaaddin Süleyman Bey’in o?lu Alaaddin Ali Bey Amasya Emiri olur. Fakat Kaynar Vak?as?'ndan sonra 1362 tarihinde Hac? ?adgeldi Pa?a ikinci kez Amasya Emiri olarak tarih sahnesinde görülür.
Sultan Eratna’dan sonra devleti yöneten sultanlar?n zay?f olmalar? ayr?ca zevk ve sefaya dü?künlükleri devlet otoritesinin sars?lmas?na ve görev yapan idarecilerin ba??ms?zl?k fikrine kap?lmalar?na yol açm??t?r. Bu y?llarda Amasya Emiri Hac? ?adgeldi Pa?a da, kendi ba??na buyruk hareket etmeye ba?lam?? ve daha sonra ise beyli?ini ilan etmi?tir.
?adgeldi Pa?a döneminde Amasya’da kayda de?er imar faaliyetleri görülür. Bu dönemde; 1363 tarihinde Amasya Kalesi onar?l?r ve eski darphane yenilenir, ayr?ca Amasya’da bir ka??t fabrikas? yapt?r?l?r. Bu faaliyetlerle birlikte 1372 tarihinde cami, medrese ve imaretten olu?an baz? yap? birimlerinin de yapt?r?ld??? bilinmektedir.
Eratna Devleti naibi Kad? Burhaneddin ile 1381 y?l?nda yapt??? sava?ta hayat?n? kaybeden Hac? ?adgeldi Pa?a’dan sonra o?lu Fahrettin Ahmet Bey Amasya Emirli?i görevini üstlenmi?tir.
Fahreddin Ahmed Bey de babas? gibi Kad? Burhaneddin ile devaml? bir mücadele içerisinde olmu?, fakat bu mücadelelerden bir sonuca varamam?? olmas? nedeniyle ba?ka bir sanca?a kar??l?k Amasya’y?, Osmanl?lara vermeyi teklif etmi?, bunun üzerine 1393 y?l?nda ?ehir Osmanl? idaresine girmi?tir.